A pesar de ser inocente del homicidio del cual lo acusaron, Toño Zúñiga es condenado a 20 años de prisión. Trágicamente, un Tribunal de Apelación de la Ciudad de México confirma la sentencia, dejando a Toño casi sin perspectivas de recuperar su libertad. Gracias a la tenacidad de amigas y su novia, Toño logra hablar con dos abogados jóvenes, Layda Negrete y Roberto Hernández, quienes deciden pelear el caso y filmar sus esfuerzos de liberarlo. Cuando descubren que su abogado defensor había falsificado su cédula profesional, la condena se anula y las piezas están puestas para que Toño sea juzgado nuevamente. Pero esta vez, su reencuentro con el Juez que lo había condenado dos años atrás; con los Policías Judiciales que lo detuvieron, y con el Testigo que lo acusó, será videograbado. Presunto Culpable nos ofrece un asiento de primera fila a la batalla legal que desnudó al sistema de justicia mexicano.