Obra póstuma, Mahoma y Carlomagno contiene las conclusiones definitivas sobre el conjunto de problemas que constituyó la gran pasión científica de los veinte últimos años de la vida de Henri Pirenne y que había orientado ya su anterior estudio sobre Las ciudades de la Edad Media. Pirenne sostiene que no fueron las invasiones germánicas las que pusieron fin a la unidad mediterránea del mundo antiguo, sino que fue la expansión islámica la que creó las condiciones para la separación entre el Oriente bizantino y Occidente y para la ruptura de la continuidad en el desarrollo de la civilización. La decadencia del reino merovingio, el ascenso de Carlomagno, la alianza del papado con la nueva dinastía y el predominio de la Iglesia y de los señores feudales marcan, entre el 650 y el 750, la transición hacia el período de regresión económica y anarquía en el que la tradición antigua se pierde y que recibe el nombre de Edad Media.