Una mejor y más transparente procuración y administración de justicia, se propone con un nuevo sistema de enjuiciamiento penal, respetuoso de los derechos humanos y de todas las garantías que se derivan del derecho a un debido y justo proceso, de un cambio de actitud de todos los servidores públicos involucrados en el tema, y de un cambio cultural de la sociedad en general, de un cambio, en donde el sistema de persecución penal del delito, estén separadas las funciones de investigar, acusar y juzgar; la finalidad de este nuevo proceso penal cambia, al buscar sólo el esclarecimiento de los hechos y establecer la verdad histórica de cómo sucedieron. Sólo así se podrá recuperar la confianza ciudadana en los órganos encargados de ambas funciones, esto implica el desarrollo de una nueva forma de llevar a cabo todo el procedimiento penal, mediante la aplicación de metodologías técnico-científicas precisas para investigar los delitos; distintos esquemas para la defensa de los imputados, una jerarquía preponderante para las víctimas, una nueva estructura de litigio, así como novedades sustanciales en el ofrecimiento, admisión y valoración de las pruebas. Para que su aplicación resulte efectiva, no sólo debe imperar la prudencia en los legisladores, juzgadores, agentes del Ministerio Público, defensores, peritos y policía ministerial, sino que también debemos pensar en la capacitación, en el tema, ya que todos los mencionados anteriormente fueron formados bajo un sistema metodológico muy distinto al que se aplicara en el sistema procesal penal acusatorio (juicio oral).
El establecimiento de este nuevo sistema de enjuiciamiento penal, requiere de cambios, adecuaciones o modificaciones jurídicas y organizacionales, de la construcción y operación de la infraestructura necesaria, así como de llevar a cabo la capacitación y/o actualización correspondiente para jueces, ministerios públicos, policía investigadora, peritos y defensores. En la medida de la capacitación, adaptación,