La biotecnología y la nanotecnología son consideradas como tecnologías emergentes y transversales que ofrecen oportunidades para el desarrollo en la medida en que sus aplicaciones pueden mejorar los productos y los servicios en áreas como la salud, la alimentación y el cuidado del medio ambiente. Por ello muchos países han implementado planes estratégicos para incrementar sus capacidades científicas y tecnológicas en esos campos. Nuestra investigación tuvo como principal objetivo identificar los incentivos y las barreras que ofrece el marco institucional en México para la creación del conocimiento, para la transferencia tecnológica y la innovación en biotecnología y nanotecnología. Presentamos varios estudios monográficos de aplicaciones en biotecnología y nanotecnología en los sectores de salud, alimentos y cuidado del medio ambiente con la finalidad de mostrar la forma en que las empresas y la academia aprovechan los programas de apoyo a la innovación derivados de la política pública. También nos ha interesado mostrar cómo los actores logran franquear obstáculos y construir procesos de transferencia y desarrollo de tecnología de manera colaborativa. El principal postulado que orientó nuestra reflexión es que ante los costos y riesgos que conllevan los procesos de innovación, es necesario cooperar y combinar esfuerzos de la academia y la industria para aprovechar todo el potencial de las tecnologías emergentes.