Una condición fundamental para que opere la transparencia, la rendición de cuentas y el acceso a la información, es la existencia y correspondencia de los instrumento, modelos y sistemas de evaluación e indicadores con el diseño institucional y de gestión de la misma. Por ello en el presente trabajo se observa que las IES públicas autónomas han implementado mecanismos de transparencia y rendición de cuentas a través de las auditorías administrativas y académicas, como parte de un complejo sistema de evaluación endógeno, gestado de manera específica a través del tiempo. Consecuentemente el modelo institucional de rendición de cuentas se está adecuando paulatinamente a la demanda abierta y social de transparencia en ambientes más competitivos y pertinentes.